כוחות מג"ב ומשטרה החלו לפנות בוקר (חמישי) בפינוי האזרחים מהמאחז הבלתי חוקי עמונה, זאת בהתאם להחלטת בית משפט המחוזי בירושלים ועל מנת לאפשר לצה"ל ולמשרד הביטחון לפנות את המבנים והתשתיות שהוצבו במקום. הכוחות שעלו למקום נתקלו ב"אלימות קשה מאוד" מצד עשרות מתפרעים שיידו אבנים, הבעירו צמיגים והשליכו ברזלים לעבר הכוחות שביצעו שימוש באמצעים לפיזור הפגנות.
חמישה שוטרים, ואזרח אחד, נפצעו כתוצאה מפגיעת אבנים. הפצועים פונו לבית חולים. שני מתפרעים נעצרו. על פי הודעת מג"ב, כעת המצב בשליטה והכוחות פרצו לקראוון בו שוהות כמה עשרות בנות. במקום מבניה נוסף בו מתבצרים כמה עשרות חשודים.
ראש המועצה האזורית מטה בנימין ישראל גנץ, הנמצא במקום, מסר כי "ראש הממשלה יכול היה בחתימה אחת שלו כשר ביטחון לתת היתר עסקה ולאפשר את השימוש בקרקע, אך הוא לא עשה זאת ובכך במו ידיו הביא לפינוי הזה".
ביום שלישי הודיעה המדינה לתושבים שעלו באופן לא חוקי למאחז כי עליהם להתפנות בתוך 48 שעות, שהסתיימו הלילה – כך עולה מתשובת המדינה לעתירה שהוגשה נגד הפינוי. בקשות לצו ביניים שיקפיאו את הפינוי נדחו על ידי בית המשפט.
המאחז עמונה פונה בהתאם לפסיקת בג"ץ בעקבות עתירה של פלסטינים, ומאז השטח הוגדר כשטח צבאי סגור. אולם לפני כשלושה שבועות הציבה מועצת בנימין שני מבנים יבילים במקום, ללא היתר. לפי הודעת המועצה, הקרקעות נרכשו כחוק, והמסמכים הועברו לאישור המנהל האזרחי. אך מסמכי הרכישה טרם אושרו ולא ניתן אישור להציב מבנים במקום המוגדר עדיין כשטח צבאי סגור.